Nghị quyết [4] ngày 06 tháng 11 năm 1996 của Quốc hội, chia tỉnh Minh Hải thành hai tỉnh là tỉnh Bạc Liêu và tỉnh Cà Mau, Khi đó xã Phú Tân, huyện Cái Nước trở thành huyện của tỉnh Cà Mau.

Nghị định 41/2003/NĐ-CP[5] ngày 22 tháng 04 năm 2003 của Chính phủ về việc thành lập xã Tân Hải trên cơ sở 4.233,56 ha diện tích tự nhiên và 9.532 nhân khẩu của xã Phú Tân, huyện Cái Nước, tỉnh Cà Mau. Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính thành lập xã Tân Hải, xã Phú Tân còn lại 5.682,47 ha diện tích tự nhiên và 15.130 nhân khẩu.

Nghị định 138/2003/NĐ-CP[6] ngày 17 tháng 11 năm 2003 của Chính phủ, sáp nhập xã Phú Tân của huyện Cái Nước vào huyện Phú Tân.

Ngày 27 tháng 12 năm 2021, Chủ tịch UBND tỉnh Cà Mau ban hành Quyết định công nhận đô thị Phú Tân, xã Phú Tân, huyện Phú Tân là đô thị loại V.[1][7][8][9]